San Joaquín es la cabecera del municipio queretano del mismo nombre, situado en la Huasteca Queretana, en plena Sierra Gorda, a más de 2.400 msnm. Limita con los también municipios queretanos de Pinal de Amoles, Jalpan de Serra y Cadereyta de Montes, y por el este es fronterizo del estado de Hidalgo. La capital estatal, Santiago de Querétaro, se encuentra a 136 Km. del Pueblo Mágico, mientras que Ciudad de México está a 277 Km. Viajando desde el DF hay que tomar la carretera federal 57 hacia Querétaro, luego la federal 120 y finalmente el desvío hacia San Joaquín tras pasar Ezequiel Montes, Cadereyta y Vizarrón.